Resumenes Vol. 38 No.4 de 2006
 

SIMULACION POR DINAMICA BROWNIANA DEL TRANSPORTE IONICO A TRAVES DEL CANAL GRAMICIDINA A

Camilo Andrés Aponte, José Daniel Muñoz, Ramon Fayad

Resumen

En este trabajo se simula por dinámica browniana el transporte de iones a través del canal Gramicidina A y se calcula la corriente que fluye a través del canal en función del voltaje aplicado y de la concentración iónica de los medios. Para mantener dichas concentraciones constantes se propone un nuevo método. Al utilizar una versión suavizada del perfil de energía potencial reportado en la literatura más reciente y una fuerza de fila india proporcional a 1/r9 se obtienen corrientes muy por debajo de las experimentales. Sólo tomando un perfil de energía hipotéetico con la mitad de la altura de la barrera de potencial reportada en la literatura se obtiene un valor de conductancia que discrepa en un 4.9% del valor experimental, pero se pierde la saturación del canal que se observa experimentalmente al aumentar la concentración. Estos son los mismos problemas que afrontan las simulaciones de punta en el área y son tema actual de investigación.

Palabras claves: Canal iónico, dinámica browniana, Gramicidina A, transporte iónico.


Abstract

We use brownian dynamics to simulate the ion permeation through Gramicidin A channel and to compute the current through the channel as a function of the applied voltage and the ionic concentration in the media. A new method ia proposed to mantain the ionic concentrations in the intracellular and extracellular media. The current obtained by using a smoothed version of the most recently reported potential mean force profile and a singlefile force proportional to 1/r9 are much smaller than the experimental ones. By using an hypothetical potential mean force profile with one-half the potential barrier reported in the literature we obtained a conductance that differs just in 4.9% of the experimental one, but the channel saturation with concentration increases, observed in experiments, is lost. These difficulties are the same ones that are confronted by all simulations in this area, and they are topic of research at the present time.

 

keywords: Ion channels, brownian dynamics, Gramicidin A, ionic transport.
Formatos Disponibles: Pdf